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질량분석기는 분자에 에너지를 가하여 생기는 이온을 그 m/z(mass to charge)값에 따라 분리하여 측정한 질량 스펙트럼으로부터 물질의 분자량과 구조에 관한 정보를 얻을 수 있는 기기이다.
분석에 필요한 양은 수 microgram 정도로 화학 분석기기 중 가장 감도가 좋은 기기 중의 하나이다.
GC/MS 방법은 혼합물을 GC의 컬럼으로부터 분리한 후 이를 on-line으로 질량분석기에 도입하는 방법으로 GC분석이 가능한 혼합물 중의 개개 화합물에 대한 질량스펙트럼을 얻을 수 있다.